Продуктами жизнедеятельности человека и отходами ряда производств являются органические соединения, которые поступают в водные объекты со сточными водами или в результате фильтрации через грунты. Их разложение осуществляется в результате деятельности аэробных микроорганизмов.
В процессах брожения при интенсивном потреблении кислорода, растворенного в воде, образуются СО2, Н2О, а также нитраты, фосфаты, сульфаты и кислородсодержащие соединения других элементов. Это приводит, с одной стороны, к интенсивному разложению водорослей и растений, что стимулирует рост зоопланктона и внешней фауны, потребляющей кислород для дыхания.
С другой стороны, возникающий дефицит кислорода приводит к массовой гибели аэробных организмов и размножению анаэробных микроорганизмов, разрушающих биомассу путем брожения. Анаэробный распад приводит к образованию СН4, СО2, H2S, NH3, что изменяет состав воды и делает часто невозможным ее возврат к аэробным условиям. Негативное влияние фекальных стоков — существенно, особенно из-за повышенного содержания в них мочевины и патогенных микробов. Выделяющийся при разложении аммиак создает в воде щелочную среду, растворяющую белки, вызывая массовую гибель организмов.
Другими органическими загрязнителями являются фенолы, их галогенсодержащие соединения, которые попадают в водные объекты со стоками предприятий по производству клеев, пластмасс, кокса. Время распада этих соединений в среднем составляет 7 дней. Весьма опасны органические растворители, широко применяемые в различных химических технологиях (например, хлорированные углеводороды). Время их распада в водной среде составляет более двух дней. В число антропогенных загрязнителей водных объектов входят вещества, которые устойчивы или трудноразрушаемы в водной среде.
Нефть и нефтепродукты попадают в водные объекты при бурении скважин, потерях при транспортировке, авариях танкеров, а также в результате сливов при промывании емкостей. На воде нефть образует тонкие пленки, которые постепенно создают эмульсионный слой нефть-вода, покрывающий в настоящее время до 20—30% поверхности Мирового океана. Этот слой препятствует газообмену между водой и воздухом. Это ведет к повышению в клетках водных организмов содержания СО2 и их гибели. У морских птиц нефтяная пленка склеивает оперение, что приводит к утрате способности держаться на воде и переохлаждению организма. Микробиологический распад нефти идет неделями и даже месяцами.
Растворимые продукты окисления могут обладать токсическим действием, а нерастворимые выпадают в осадок, загрязняя донные отложения. Такие продукты отрицательно воздействуют на гидробиоценозы, так как аккумулируются в морской биоте, передаваясь по трофическим цепям. Потребление морепродуктов создает угрозу здоровью людей. В морскую среду ежегодно поступает около 3,5 млн т нефти и нефтепродуктов, которые распространяются по акватории весьма неравномерно. В наибольшей степени от загрязнений страдают полузамкнутые моря с высокой интенсивностью судоходства. Так, на Средиземное море приходится до 17% всех загрязнений в океане. Среднее содержание нефти на поверхности Средиземного моря в 1990 г. составило 38 мг/м2, в то время как на поверхности Мирового океана — всего 0,8 мг/м2.